办理外商投资企业批准证书变更的流程如下：1、申报初审：企业将提交申请文件进行初审；2、受理申请：如所提交材料齐全，且符合法定要求，立即受理；如所交材料存在可以当场更正的错误，申请人可当场更正，更正后，立即受理；如所交材料不齐全或不符合法定要求，将在5个工作日内一次告知申请人，须补齐全部内容；3、发文。提交材料如下：1、企业申请报告、申请表；2、企业董事会决议；3、修改合同、章程(独资企业只修改章程)；4、验资报告与审计报告；5、原批准证书正、副本(复印件)；6、股权转让的变更项目，还须提交：(1)股权转让协议书(协议书应由转让方与接受方签定，并注明债权债务处理或转移办法)；(2)接受方(即新股东)的资信证明、营执照(复印件)；(3)董事会成员有调整的，需提交董事长新成员的身份证(复印件)及委派书。7、场地或法定地址变更项目，需提交：场地或厂房租赁或购买协议或产权证明；重新征地建厂的，应提交由土地部门出具的土地预约书或合同书；8、办理减资的项目，企业须在省级报纸上一个月内连续刊登三次公告。