法律分析：协商不成的，应向起诉。
1、可以去工程所在地或被告所在地人民起诉，管辖应该是区或者县人民。
2、拖欠工程款属于民事纠纷，清欠办只负责农民工工资，所以应该在应付工程款之日起两年内到起诉。凭借欠条可以直接起诉建设单位，但是应当尽可能提供施工合同，竣工结算文件。
3、起诉时尽量申请财产保全，查封被告名下账户，可以保障案件判决的顺利执行。
法律依据：《中华人民共和国民事诉讼法》 第一百二十条 起诉应当向人民递交起诉状，并按照被告人数提出副本。书写起诉状确有困难的，可以口头起诉，由人民记入笔录，并告知对方当事人。